商业秘密包括技术秘密，涉及这类客体的举证责任是否发生倒置，在司法实务界和学界都有不同的认识和观点。有的观点主张，在侵犯商业秘密的纠纷案件中，要适用被控未经许可使用商业秘密的一方负倒置的举证原则，同专利领域的方法专利的举证责任相同。理由是被告使用商业秘密的事实很难为他人举证，而被告则很容易对自己使用的商业秘密特别是技术秘密举证。为了加强对商业秘密的保护，应当举证责任倒置。此种主张忽略了专利与商业秘密的重大区别，忽略了举证责任倒置只能来源于法律的特殊规定。首先，专利的主体只能是一个，必须由有关国家机关授权。而一项商业秘密可以有不同的多个主体，并不需要授权取得。其次，对商业秘密的侵犯不在于是否对商业秘密使用、披露等行为，而主要是是否以不正当的手段获取了商业秘密；反向工程取得的商业秘密被认为是合法取得，而在专利来说，制造、使用、销售、许诺销售某项专利等行为都会被认为属于涉嫌侵犯该项专利权的行为。再次，新产品方法专利的举证责任倒置为专利法等法律所明文规定，而反不正当竞争法等对商业秘密的举证责任并没有相应规定。所以，商业秘密侵权诉讼的举证责任倒置，并没有法律依据，并且今后将此种举证责任进行立法的理由也仍嫌不充足。

  　在涉嫌侵犯方法专利权的案件中，对待被控侵犯的客体为发明专利的，如果原告举出基本证据后，被告以其商业秘密和担心其商业秘密被泄漏为由对抗的，对进行鉴定被告送检的材料应该进行质证，以保证证据材料和鉴定结果符合证据的“三性”。如果涉及的是实用新型专利，此类专利未经过实质审查，可靠程度较差，因而在商业秘密的披露程度上就应有一定的控制，应该防止二次泄密。而在涉嫌侵犯商业秘密的案件中，原告是商业秘密的权利人，被告也说自己被控的技术方案或者其他信息属于商业秘密，在被告是否使用原告的商业秘密上，不能适用举证责任倒置，还应当适用谁主张谁举证的原则，这时，原告的举证责任就重于被告：不但要证明自己享有权利，还要证明被告通过不正当的手段获取了或者使用了自己的商业秘密。